Oncotype DX στον καρκίνο παχέος εντέρου

Μια πολυγονιδιακή διαγνωστική ανάλυση, το  Oncotype DX Colon έχει σχεδιαστεί για να υποστηρίξει την εξατομικευμένη θεραπεία του καρκίνου του παχέος εντέρου.

Η εξέταση αυτή παρέχει μια εξατομικευμένη, ποσοτική εκτίμηση του κινδύνου υποτροπής του καρκίνου του παχέος εντέρου, αυξάνοντας την εμπιστοσύνη ότι σε κάθε στάδιο, το σχέδιο θεραπείας  θα είναι προσαρμοσμένο στον κάθε ασθενή ξεχωριστά.

Το RNA από το βιοπτικό υλικό του παχέος εντέρου απομονώνεται και αναλύεται χρησιμοποιώντας μια τεχνική που ονομάζεται Real-time RT-PCR (ανάστροφη μεταγραφάση-αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης). Τα εργαστηριακά αποτελέσματα υπόκεινται σε αυστηρή διαδικασία ελέγχου της ποιότητας. Το αποτέλεσμα υπολογίζεται από τα αποτελέσματα της γονιδιακής έκφρασης.

Πλεονεκτήματα της RT-PCR

Το Oncotype DX Colon αναλύει την έκφραση 12 γονιδίων από ένα δείγμα σε φορμόλη ενσωματωμένο σε παραφίνη (FPET) χρησιμοποιώντας μια τεχνική που ονομάζεται RT-PCR. Αυτή η μέθοδος γίνεται σε πραγματικό χρόνο, είναι ευαίσθητη, ακριβής και έχει ένα μεγάλο δυναμικό εύρος. Η RT-PCR είναι μια τεχνολογία που συνήθως χρησιμοποιείται σε αρκετές κλινικές εφαρμογές, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου  του μαστού και για έλεγχο του ιικού φορτίου για τον ιό HIV.

Για την ποσοτικοποίηση της έκφρασης των γονιδίων, το RNA εξάγεται από το δείγμα (FPET) του όγκου και υποβάλλονται σε επεξεργασία DNase. Γίνεται αντίστροφη μεταγραφή  και ακολουθείται από ποσοτική TaqMan ® (Roche Molecular Systems, Inc) RT-PCR 384.

Το  Oncotype DX Colon είναι μια δοκιμασία που έχει βελτιστοποιηθεί για να ελαχιστοποιηθούν οι διακυμάνσεις που οφείλονται:

• Στη μέθοδο παρασκευής των ιστών: FPET (φρέσκο ή κατεψυγμένο)

• Στην ηλικία των μπλοκ παραφίνης, στην αποθήκευση και στη μεταβλητότητα στο πλαίσιο της προετοιμασίας

• Στην ανομοιογένεια στο εσωτερικό μεταξύ των FPET μπλοκ.

• Στην ανομοιογένεια σε σχέση με τον εμπλουτισμό όγκων και μη καρκινικών περιοχών μέσα σε ένα μπλοκ FPET.

Η δοκιμασία αναπτύχθηκε σε τέσσερα στάδια:

Βήμα 1. Βελτιστοποίηση των μεθόδων για την ποσοτικοποίηση της γονιδιακής έκφρασης στα μπλοκ FPET

Όταν ιστός διατηρείται σε παραφίνη, το RNA είναι κατακερματισμένο. Ωστόσο, η σχετική αναλογία του RNA μεταξύ των γονιδίων είναι αμετάβλητη. Με τη χρησιμοποίηση της τεχνικής RT-PCR, η έκφραση των περισσότερων γονιδίων-σε σχέση με ένα σύνολο γονιδίων αναφοράς-μπορεί να μετρηθεί. Για την ανάπτυξη της βελτιστοποίησης του Oncotype DX Colon χρησιμοποιείται η RT-PCR τεχνολογία:

1) για υψηλή απόδοση, σε πραγματικό χρόνο με  ποσοτικό προσδιορισμό των ειδικών RNA σε FPET, και 

2)  δύνανται να αναπαράγονται ανεξάρτητα από τη μεταβλητότητα που υπάρχει σε ένα μπλοκ.

Βήμα 2 . Επιλογή από 761 υποψήφια γονίδια από το ανθρώπινο γονιδίωμα

Οι ερευνητές στηρίχθηκαν σε πολλές πηγές για τον εντοπισμό 761 υποψηφίων γονιδίων-που σχετίζονται με τον καρκίνο του παχέος εντέρου μεταξύ των περίπου 25.000 γονιδίων στο ανθρώπινο γονιδίωμα.

Βήμα 3. Έλεγχος των υποψηφίων γονιδίων

Το 761 υποψήφια γονίδια αναλύθηκαν συνολικά σε 1.851 ασθενείς, προκειμένου να εντοπίσουν  μια ομάδα γονιδίων που συνδέονται στενά με την πιθανότητα υποτροπής του καρκίνου του παχέος εντέρου. Η επιλογή βασίστηκε στα αποτελέσματα τεσσάρων αναπτυξιακών μελετών που έχουν διεξαχθεί από το NSABP και το Cleveland Clinic Foundation (CCF) σε συνεργασία με την Genomic Health. 

Βήμα 4. Κλινική επικύρωση του πίνακα των 12 γονιδίων και της επανάληψης του υπολογισμού των αποτελεσμάτων

Το Oncotype DX Colon επικυρώθηκε σε μια μεγάλη,  πολυκεντρική κλινική μελέτη (QUASAR). Τα αποτελέσματα αυτών των μελετών παρουσιάστηκαν στη γενική συνεδρίαση για τον καρκίνο του παχέος εντέρου στο ASCO 2009.

Βιβλιογραφία

ASCO 2009